L’allenamento funzionale ha origine nella riabilitazione. I terapisti fisici e occupazionali e i chiropratici utilizzano spesso questo approccio per riqualificare i pazienti con disturbi del movimento.

Gli interventi sono concepiti per incorporare esercizi specifici per il compito e il contesto in aree significative per ciascun paziente, con l’obiettivo generale dell’indipendenza funzionale.
Per esempio, gli esercizi possono imitare ciò che i pazienti fanno a casa o al lavoro e possono quindi essere inclusi nel trattamento per aiutarli a tornare alla loro vita o al loro lavoro dopo un infortunio o un intervento chirurgico.

Così, se il lavoro di un paziente richiedeva ripetutamente il sollevamento di carichi pesanti, la riabilitazione porrà come obiettivo il sollevamento di carichi pesanti, se il paziente invece è un genitore di bambini piccoli, la riabilitazione porrà come obiettivo il sollevamento di carichi moderati e alla resistenza, e se il paziente è un maratoneta, l’allenamento verterà  a ricostruire e  la resistenza.

Tuttavia, i trattamenti sono concepiti dopo un’attenta considerazione della condizione del paziente, di ciò che vorrebbe ottenere e di come gli obiettivi del trattamento siano realistici e raggiungibili.

L’allenamento funzionale cerca di adattare o sviluppare esercizi che permettano alle persone di svolgere le attività della vita quotidiana più facilmente e senza lesioni.

Nella riabilitazione, l’allenamento non deve necessariamente coinvolgere attività che comportano l’uso di pesi, ma può essere mirato a qualsiasi attività o combinazione di attività con cui il paziente ha difficoltà. L’allenamento dell’equilibrio, ad esempio, è spesso incorporato nel piano di trattamento di un paziente che ha subito una riduzione dell’equilibrio in seguito a un infortunio o a una malattia.